Theo GS. Giàu thì:

Thấy tướng Bá Nghi cùng tàn quân lui về ở Bình Thuận, tướng Tri Phương cũng cho dừng quân lại ở đây, mà không tiến đánh đối phương để ủng hộ cho nghĩa binh ở các tỉnh Nam Kỳ đang rầm rộ nổi lên...Tội lỗi của triều đình còn nặng nề hơn nữa, khi quân ứng nghĩa khắc phục gần hết các các thôn xã thì Huế đang tính chuyện nghị hòa, nhượng hẳn ba tỉnh miền Đông.[9]

Nhưng theo Phạm Văn Sơn, thì:

Những tin thất trận cứ cáo cấp dồn dập về Huế, đã gây một cuộc khủng hoảng tinh thần cho Tự Đức và các đại thần. Các quan quân thứ, quan tỉnh (Biên Hòa) đều bị cách lưu, cho lập công chuộc tội. Nhận thấy lực lượng quân đội chính quy không đủ ứng phó với tình thế mỗi ngày một khẩn trương, nhà vua xuống dụ giao cho Đỗ Quang phụ trách Gia Định, Đỗ Thúc Tĩnh phụ trách Định Tường, Nguyễn Đức Quang và Lê Khắc Cẩn phụ trách Vĩnh Long...khuyến khích nhân dân ứng nghĩa. "Ai đánh và thu được phủ, huyện nào thì lãnh chức nơi đó. Ai thu được tỉnh thành nào thì được đời đời tập tước, binh dõng có công trạng thì được thưởng phẩm hàm"...Nhà vua lại bàn với Trương Đăng Quế (tìm cách) khôi phục lại tỉnh Biên Hòa...[10]

Sách Hỏi đáp lịch sử tập 4 ghi tương tự và còn cho biết thêm:

Ở tỉnh Biên Hòa, Tuần phủ Nguyễn Đức Hoan vá Án sát Lê Khắc Cẩn đứng ra mộ nghĩa chống quân xâm lược. Họ tham gia đánh chặn đánh đối phương trong các cuộc lùng sục vào các thôn xóm, tập kích vào các đồn binh lẻ ở khắp các phủ huyện. Tuy nhiên, thái độ và phương thức chỉ đạo cuộc kháng chiến của triều đình thiếu kiên quyết và dứt khoát, do đó sau một số trận đụng độ với quân Pháp bị tổn thất nặng, quan quân của triều đình phải rút dần ra Bình Thuận.[11]

Sau chiến thắng Biên Hòa, ngày 23 tháng 3 năm 1861, quân Pháp đánh chiếm luôn thành Vĩnh Long. Hốt hoảng, đầu tháng 5 năm 1862, sau khi cùng các đình thần bàn bạc, vua Tự Đức sai quan thông báo cho phía Pháp đề nghị "giảng hòa".

Đề cập sự việc này, GS. Trần Văn Giàu viết:

Lúc Vĩnh Long thất thủ (lần đầu), đó chính là lúc nghĩa quân hoạt động rất mạnh ở các nơi. Làm cho quân Pháp lan rộng từ Bà Rịa tới Vĩnh Long, nhưng họ mất rất nhiều căn cứ ở bên trong, bị tập kích khắp nơi khi họ ló ra, tình thế rất là nguy khốn. A. Thomazi trong La conquête de L'Indchine chép: "Người Pháp đã bắt đầu thấy cần phải chinh phục lại những tỉnh đã chinh phục. Nhưng trong lúc không ngờ rằng Tự Đức xin giảng hòa thì Tự Đức lại xin giảng hòa". Giảng hòa, là gián tiếp giúp Pháp tàn sát nghĩa quân, bội phản quyền lợi của nhân dân, của Tổ quốc.[12]